También son evidentes algunas diferencias entre el relato bíblico y el babilonio. Se advierten las siguientes diferencias principales:
(1) El registro bíblico habla de un Dios de justicia, al paso que el relato babilonio menciona a muchos dioses que contienden entre sí.
(2) En la Biblia se llama a Noé "pregonero de justicia", porque los impíos fueron advertidos por él de la proximidad del diluvio y así tuvieron oportunidad de salvarse; en la narración babilonia los dioses "engañaron" a la gente a fin de destruirla.
(3) Falta en la tradición babilonia el pacto entre Dios y Noé que forma una parte importante del relato bíblico.
(4) En los detalles hay muchas diferencias menores. Por ejemplo, son diferentes las medidas del arca tanto como el orden del envío de las aves, el nombre de la montaña que fue tocada, los elementos de tiempo y otros detalles de los dos relatos.
